Opere giovanili
* Madonna Gambier Parry, 1470 circa, tempera su tavola, 57,1x77,3 cm, Courtauld Institute, Londra
* Adorazione dei Magi, 1472 o 1476 circa, olio su tavola, 241x180 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Natività della Vergine, 1472 circa, tavola, 18,6x41 cm, Liverpool, Walker Art Gallery
* Miracolo della Neve, 1472 circa, tavola, 18,7x40 cm, Guildford (Surrey), Polesden Lacey
* Gonfalone con la Pietà, 1472 circa, tempera su tela, 128x165 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Visitazione con sant'Anna, 1472-1473 circa, tempera su tavola, 32x34 cm, Firenze, Galleria dell'Accademia
* Miracolo del bambino nato morto, 1473, tempera su tavola, 75x57 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* San Bernardino risana una fanciulla, 1473, tempera su tavola, 76x56,5 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* San Girolamo che resuscita il cardinale Andrea, Cristo morto e San Girolamo che assiste due giovani impiccati ingiustamente, 1473 circa, tavolette di predella, Parigi, Louvre
* Padre Eterno con i santi Rocco e Romano, 1477-1478, affresco staccato, Deruta, Pinacoteca comunale
* San Sebastiano tra i santi Rocco e Pietro, 1478, affresco frammentario, Cerqueto, chiesa di Santa Maria Assunta
Cappella Sistina
* Madonna e santi, 1479-1480, affreschi, già nella Cappella della Concezione dell'antica Basilica vaticana, distrutti
* Assunta con Sisto IV inginocchiato, 1481-1482, affresco, già in Città del Vaticano, Palazzi Vaticani, Cappella Sistina, distrutto
* Nascita e ritrovamento di Mosè, 1481-1482, affresco, già in Città del Vaticano, Palazzi Vaticani, Cappella Sistina, distrutto
* Natività di Cristo, 1481-1482, affresco, già in Città del Vaticano, Palazzi Vaticani, Cappella Sistina, distrutto
* Ritratti di papi, 1481 circa, affreschi (in cattivo stato di conservazione, con ridipinture), Città del Vaticano, Palazzi Vaticani, Cappella Sistina
* Consegna delle chiavi, 1481-1482, affresco, 335x550 cm, Città del Vaticano, Palazzi Vaticani, Cappella Sistina
* Battesimo di Cristo, 1482 circa, affresco, 335x540 cm, insieme a Pinturicchio, Città del Vaticano, Cappella Sistina
* Viaggio di Mosè in Egitto e circoncisione del figlio Eliezer, 1482 circa, affresco, 350x572 cm, insieme a Pinturicchio, Città del Vaticano, Cappella Sistina
Roma, Firenze e Perugia
* Orazione nell'orto, 1483-1495 circa, olio su tavola, 166x171 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Crocifissione, 1483-1495 circa, olio su tavola, 166x171 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Pietà, 1483-1495, olio su tavola, 168x176 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Trittico Galitzin, 1485 circa, tempera su tavola trasferita su tela, tavola centrale con Crocifisso tra la Vergine e Giovanni Evangelista, 101x56 cm; nelle tavole laterali San Gerolamo, 95x30 cm, e Santa Maria Maddalena, 95x30 cm, Washington, National Gallery of Art
* Ritratto di Lorenzo di Credi, 1488 circa, olio su tavola trasferito su tela, 44x30,5 cm, Washington, National Gallery of Art
* Annunciazione, 1488-1490 circa, olio su tavola, 212x172 cm, Fano, chiesa di Santa Maria Nuova
* San Sebastiano, 1490 circa, olio su tavola, 174x88 cm, Stoccolma, Nationalmuseum
* Madonna col Bambino, 1490, Napoli, Museo di Capodimonte
* Apollo e Dafni, 1490-1492 circa, olio su tavola, 39x29 cm, Parigi, Musée du Louvre
* Tondo della Vergine col Bambino tra due sante e due angeli (attr.), 1490-1492 circa, olio su tavola, diametro 148 cm, Parigi, Musée du Louvre
* San Girolamo penitente, 1491 circa, olio su tela, 79x58 cm, Hampton Court, Royal Collection
* Polittico Albani Torlonia, 1491, tempera su tavola, 174 x 88 cm, Roma, Collezione Torlonia
* Madonna col Bambino in trono tra i santi Giovanni Battista e Sebastiano, 1493, olio su tavola, 178x164 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Madonna col Bambino tra santa Caterina d'Alessandria e una santa, 1493, olio su tavola, 86,5x63 cm, Vienna, Kunsthistorisches Museum
* Apparizione della Vergine a san Bernardo, 1493, olio su tavola di quercia, 173x170 cm, Monaco, Alte Pinakothek
* San Sebastiano, 1493-1494, tempera e olio su tavola di quercia, 53,5x39,5 cm, San Pietroburgo, Ermitage
* Ultima cena, 1493-1496, affresco, 440x800 cm, Firenze, Cenacolo di Fuligno
* Ritratto di Francesco delle Opere, 1494, tempera su tavola di quercia, 52x44 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Madonna col Bambino in trono tra i santi Giovanni evangelista e Agostino, 1494, tempera su tavola, Cremona, chiesa di Sant'Agostino
* Crocifissione, 1494-1496, affresco, 480x812 cm, Firenze, chiesa di Santa Maria Maddalena dei Pazzi
* San Bernardo accoglie il Cristo che si stacca dalla croce, 1494-1496, 247x145 cm, Firenze, chiesa di Santa Maria Maddalena dei Pazzi
* San Sebastiano, 1495 circa, olio su tavola di quercia, 176x116 cm, Parigi, Musée du Louvre
* Cristo morto nel sepolcro, 1495, olio su tavola, 55,5x57 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Compianto sul Cristo morto (Deposizione), 1495, olio su tavola, 214x195 cm, Firenze, Palazzo Pitti, Galleria Palatina
* Ritratto di giovane, 1495, olio su tavola, 37x26 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* San Benedetto, 1495-1498, olio su tavola, Città del Vaticano, Pinacoteca Vaticana
* Santa Flavia, 1495-1498, olio su tavola, Città del Vaticano, Pinacoteca Vaticana
* San Placido, 1495-1498, olio su tavola, Città del Vaticano, Pinacoteca Vaticana
* Madonna del Sacco, 1495-1500, olio su tavola, 88x66 cm, Firenze, Palazzo Pitti, Galleria Palatina
* Madonna della Confraternita della Consolazione, 1496-1498, olio su tavola, 183x130 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Polittico di San Pietro, 1496-1500, olio su tavola, smembrato
o Ascensione, 280x216 cm, Lione, Musée des Beaux-Arts
o Eterno benedicente con cherubini e angeli, dalla cimasa, 114x230 cm, Lione, Musée des Beaux-Arts
o Adorazione dei Magi, dalla predella, 32x59 cm, Rouen, Musée des Beaux-Arts
o Battesimo di Cristo, dalla predella, Rouen, Musée des Beaux-Arts
o Resurrezione, dalla predella, Rouen, Musée des Beaux-Arts
o Sant'Ercolano, dalla predella, Perugia, Galleria nazionale dell'Umbria
o San Costanzo, dalla predella, Perugia, Galleria nazionale dell'Umbria
o San Mauro, sulle basi delle colonne, Perugia, Galleria nazionale dell'Umbria
o San Pietro Vincioli, sulle basi delle colonne, Perugia, Galleria nazionale dell'Umbria
o San Benedetto, sulle basi delle colonne, Roma, Pinacoteca Vaticana
o Santa Flavia, sulle basi delle colonne, Roma, Pinacoteca Vaticana
o San Placido, sulle basi delle colonne, Roma, Pinacoteca Vaticana
o Tondo di Geremia, Nantes, Musée des Beaux-Arts
o Tondo di Isaia, Nantes, Musée des Beaux-Arts
* Madonna col Bambino e san Giovannino, 1497, olio su tavola, 73x52 cm, Francoforte, Städelsches Kunstinstitut
* Pala di Fano, 1497, olio su tavola, 150x250 cm la lunetta e 262x215 la tavola centrale, Fano, chiesa di Santa Maria Nuova
* Madonna col Bambino, 1497 circa, olio su tavola, 44x34 cm, Roma, Galleria Borghese
Collegio del Cambio
* Volta con Trionfi dei Pianeti e grottesche, 1497, affresco, Perugia, Collegio del Cambio
* Fortezza e Temperanza con sei eroi dell'antichità, 1497, affresco, 291x400 cm, Perugia, Collegio del Cambio
* Prudenza e Giustizia sopra sei savi antichi, 1497, affresco, 293x418 cm, Perugia, Collegio del Cambio
* Natività, 1498, affresco, 264x225 cm, Perugia, Collegio del Cambio
* Trasfigurazione, 1498, affresco, 226x229 cm, Perugia, Collegio del Cambio
* Dio Padre con profeti e Sibille, 1500 circa, affresco, 229x370 cm, Perugia, Collegio del Cambio
* Autoritratto, 1500 circa, affresco, 40x30,5 cm, Perugia, Collegio del Cambio
Fase matura
* Deposizione nel sepolcro, 1498, olio e tempera su tavola, 92,6x71,8 cm, Massachusetts, Sterling and Francine Clark Art Institute
* Polittico della Certosa di Pavia, 1499 circa, olio su tavola, 126,5x58 cm, Londra, National Gallery
* Resurrezione di San Francesco al Prato, 1499 circa, olio su tavola, 233x165 cm, Città del Vaticano, Pinacoteca Vaticana
* Pala di Vallombrosa, 1500, olio su tavola, 415x246 cm, Firenze, Galleria dell'Accademia
o Ritratto di Biagio Milanesi, 1500, olio su tavola, 28x26 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
o Ritratto del monaco Baldassarre, 1500, olio su tavola, 26x27 cm, Firenze, Galleria degli Uffizi
* Pala Tezi (Madonna col Bambino, e i santi Nicola da Tolentino, Bernardino da Siena, Gerolamo e Sebastiano), 1500, olio su tavola, 182x158 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria, con la collaborazione di Eusebio da San Giorgio
o Ultima Cena, predella della Pala Tezi, 18x121 cm, Berlino, Gemäldegalerie
* Madonna col Bambino tra i santi Giovanni Battista e Caterina d'Alessandria, 1500 circa, olio su tavola, 81x63 cm, Parigi, Musée du Louvre
* Maria Maddalena, 1500 circa, olio su tavola, 47x34 cm, Firenze, Palazzo Pitti, Galleria Palatina
* Madonna col Bambino, 1500 circa, tempera su tavola, 80,7x77,3 cm, Detroit, Detroit Institute of Arts
* Sant'Agostino con i membri della Confraternita di Perugia, 1500 circa, olio su tavola, 95x64 cm, Pittsburgh, Carnegie Museum of Art
* San Sebastiano, 1500 circa, olio su tavola trasferito su tela, 76,7x53,4 cm, Princeton, Princeton University Art Museum
* Madonna in gloria e santi, 1500-1501, olio su tavola, 152x124 cm, Bologna, Pinacoteca Nazionale
* Famiglia della Madonna, 1500-1502, olio su tavola, 296x259 cm, Marsiglia, Musée des Beaux-Arts
* Adorazione del Bambino, 1500-1505 circa, tempera su tavola trasferito su tela, 26x46,4 cm, Chicago, Art Institute of Chicago
* Battesimo di Cristo, 1500-1505, tempera su tavola trasferito su tela, 27x46,3 cm, Chicago, Art Institute of Chicago
* Cristo e la donna di Samaria, 1500-1505, tempera su tavola trasferito su tela, 27x46,3 cm, Chicago, Art Institute of Chicago
* Noli me tangere, 1500-1505, tempera su tavola, 26x46,3 cm, New York, Metropolitan Museum
* Resurrezione di Cristo, 1500-1505, tempera su tavola, 26,7x45,7 cm, New York, Metropolitan Museum
* Tobiolo con l'arcangelo Raffaele, 1500-1505, olio e tempera su tavola di quercia, 113,3x56,5 cm, Londra, National Gallery
* San Sebastiano, 1500-1510, olio su tela, 181x115 cm, San Paolo, Museu de Arte
* Madonna col Bambino, 1501, olio su tavola di quercia, 70x51 cm, Washington, National Gallery of Art
* Gonfalone della Giustizia, 1501, tempera e olio su tela, 278x138 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Sposalizio della Vergine, 1501-1504, olio su tavola, 234x185 cm, Caen, Musée des Beaux-Arts
Crisi e opere tarde
* Polittico di Sant'Agostino (prima fase), 1502-1512 circa
o Battesimo di Cristo, 261x146 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Santi Filippo e Agostino, 173x91 cm, olio su tavola, Musée des Augustins, Tolosa
o Santi Ercolano e Giacomo Maggiore, olio su tavola, 173x91 cm, Musée des Beaux-Arts, Lione
o Angelo annunciante, diametro 102 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Vergine annunciata, perduto
o Adorazione dei Magi, 39,5x85 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Predica del Battista, 39,5 x 84 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Nozze di Cana, 39,5x84,5 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Presentazione di Gesù al Tempio, 39,5x83,5 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Pala di Monteripido, 1502, 240x180 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Lotta tra Amore e Castità, 1503, tempera su tavola, 160x191 cm, Parigi, Musée du Louvre
* Madonna con santi adorante il Bambino, 1503, olio su tavola di quercia, 87x72 cm, New York, Pierpont Morgan Library
* Polittico dell'Annunziata (avviato da Filippino Lippi), 1504, olio su tavola, Firenze, Galleria dell'Accademia
* Adorazione dei Magi, 1504, affresco, Città della Pieve, Oratorio di Santa Maria dei Bianchi
* Madonna in trono fra i Santi Gervasio Protasio, 1504, tempera su tavola, Città della Pieve, cattedrale dei Santi Gervasio e Protasio
* Sant'Antonio Abate tra i Santi Paolo Eremita e Marcello, 1504, Città della Pieve, chiesa di Sant'Antonio
* Quattro figure di nudi maschili, 1505 circa, olio su tavola, frammento, 71x52 cm, Edimburgo, National Gallery of Scotland
* Madonna con san Giovannino e due angeli adoranti il Bambino, 1505, olio su tavola, Nancy, Musée des Beaux-Arts
* Martirio di san Sebastiano, 1505, affresco, Panicale, chiesa di San Sebastiano
* Madonna col Bambino e san Giovannino, 1505-1510, olio su tavola di quercia, 67x44 cm, Londra, National Gallery
* San Giovanni Battista e quattro santi, 1505-1510, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Assunzione della Vergine, 1506 circa, olio su tavola, 333x218 cm, Firenze, basilica della Santissima Annunziata
* San Sebastiano, 1506 circa, olio su tavola, 110x62 cm, Roma, Galleria Borghese
* Pala Chigi (Crocifissione), 1506-1507, olio su tavola, 400x289 cm, Siena, chiesa di Sant'Agostino
* Natività di Cristo, 1506-1510, olio su tavola di quercia, 263x147 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Madonna di Loreto, 1507, 185,5x125,5 cm, olio su tavola di quercia, Londra, National Gallery
o Annunciazione, 1507, olio su tavola, 16,8x37,2 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Adorazione dei pastori, 1507, olio su tavola, 16,2x37 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Battesimo di Cristo, 1507, tempera e olio su tavola, 17x36,6 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* San Nicola da Tolentino, 1507, olio su tavola, 79x62 cm, Roma, Palazzo Barberini, Galleria Nazionale d'Arte Antica
* Volta nella Stanza dell'Incendio del Borgo, affreschi, 1508, Roma, Musei Vaticani, Stanze di Raffaello
* Pala di Sansepolcro, 1510 circa, olio su tavola, 290x185 cm, Sansepolcro, Duomo
* Beato Giacomo della Marca, 1512 circa, tempera su tela, 160,5x87,5 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* San Gerolamo penitente, 1512-1515 circa, olio su tela, 131x107,5 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Battesimo di Cristo, 1513, tempera su tavola, Città della Pieve, cattedrale dei Santi Gervasio e Protasio
* Polittico di Sant'Agostino (seconda fase), 1513-1523
o Adorazione dei pastori, 263x147 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Santi Irene e Sebastiano, 189x95 cm, olio su tavola, Musée des Beaux-Arts, Grenoble
o Santi Girolamo e Maria Maddalena, 174x95 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Santo giovane con spada (San Giuliano?), diametro 102 cm, olio su tavola, Parigi, Louvre
o San Bartolomeo, 89,5x74,8 cm, olio su tavola, Birmingham, Birmingham Museum & Art Gallery
o Eterno benedicente, 145x140 cm, olio su tavola, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Pietà, 144x152 cm, Perugia, olio su tavola, Galleria Nazionale dell'Umbria
o David, diametro 61 cm, Perugia, tempera su tavola, Galleria Nazionale dell'Umbria
o Daniele, diametro 61 cm, Perugia, tempera su tavola, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Madonna col Bambino e San Giovannino detta Madonna del Cardellino , 1513 circa, tempera e olio su tavola, tondo, Cantiano, Collegiata di San Giovanni Battista
* Pala di Corciano, 1513, olio su tavola, 226x149 cm (tavola centrale), Corciano, chiesa di Santa Maria
* Pala della Trasfigurazione, 1517, olio su tavola, 290x185 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* Madonna col Bambino e i santi Costanzo e Ercolano, 1517, tempera su tavola, 80x55 cm, Perugia, Galleria Nazionale dell'Umbria
* San Giovanni Evangelista dolente, 1520 circa, tempera e olio su tavola, tondo, diam 21,3 cm, Raleigh, North Carolina Museum of Art
* Vergine dolente, 1520 circa, tempera e olio su tavola, tondo, diam 20,5 cm, Raleigh, North Carolina Museum of Art
* Trinità e sei santi, 1521, affresco, 175x389 cm, aopera già avviata da Raffaello, Perugia, chiesa di San Severo
* Adorazione dei pastori, 1522 circa, affresco, Trevi, chiesa di Santa Maria delle Lacrime
* Vergine in trono tra i santi Caterina d'Alessandria e Biagio vescovo, 1522 circa, 163x145 cm, Spello, chiesa di Santa Maria Maggiore
* Pietà tra i santi Giovanni Evangelista e Maddalena, 1522 circa, 163x155 cm, Spello, chiesa di Santa Maria Maggiore
* Madonna col Bambino in trono, 1522, affresco, 135x67,5 cm, Fontignano, Oratorio dell'Annunziata
Dipinti di scuola o bottega
* Madonna con Bambino tra i santi Pietro e Paolo, 1520 circa, tempera su tavola, 290x170cm, Monteleone d'Orvieto, collegiata dei Santi Pietro e Paolo
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