* Vergine con Bambino e nove angeli (Madonna del Baldacchino), tempera su tavola, 1440- 1445; Londra, National Gallery, proveniente da Firenze.
* Ratto di Elena, tempera su tavola, 1445 circa; Londra, National Gallery, proveniente da Firenze.
* Cristo in pietà, tempera su tavola, 1445- 1450; Verona, Museo di Castelvecchio.
* Adorazione dei Magi (tondo), tempera su tavola, 1447- 1450 (in collaborazione con Filippo Lippi); Washington, National Gallery of Art.
* Affreschi del convento di San Marco, ciclo di affreschi, 1440- 1444 (in collaborazione con Beato Angelico); Firenze, Museo Nazionale di San Marco;
Adorazione dei Magi, cella n.39;
Cristo deriso (meditazione), cella n.7;
Crocifissione e la Vergine, cella n.22;
Crocifissione con la Vergine e San Pietro martire, cella n. 29;
Cristo nel Getsemani e la Vergine in meditazione, cella n. 43
* Cristo giudice e angeli; decorazioni a racemi", affreschi, 1447 (in collaborazione con Beato Angelico); Duomo di Orvieto.
* Il coro dei Profeti, affresco, 1447 (in collaborazione con Beato Angelico); Duomo di Orvieto.
* San Lorenzo davanti a Decio, affresco, 1448 (in collaborazione con Beato Angelico); Città del Vaticano, Cappella Niccolina.
* Martirio di San Lorenzo, affresco, 1448 (in collaborazione con Beato Angelico); Città del Vaticano, Cappella Niccolina.
* Madonna con Bambino benedicente, tempera su seta applicata a tavola, 1449; Roma, Basilica di Santa Maria sopra Minerva.
* Natività, tempera su tavola, 1451- 1453 (dall'Armadio degli Argenti di Beato Angelico, Firenze, Museo Nazionale di San Marco), proveniente dalla Basilica della Santissima Annunziata a Firenze.
* Vergine con Bambino e due angeli, affresco (frammentario), 1450 circa; Roma, chiesa dei Santi Domenico e Sisto.
* Cristo in pietà tra la Vergine e san Giovanni evangelista, tempera su tavola, 1449- 1450; Firenze, collezione Johnson.
* Annunciazione, tempera su tavola, 1450- 1455; Narni, Museo Eroli.
* Angelo nunziante, affresco staccato e riportato su tela, 1449-1450; Pinacoteca civica di Foligno, proveniente dalla chiesa di San Domenico a Foligno.
* Ecce Homo, tempera su pergamena incollata su tavola, 1450 circa; Assisi, Museo del tesoro della basilica di San Francesco e collezione Perkins.
* Annunciazione (tondo), tempera su tavola, 1450 circa; San Diego, Museum of Fine Art.
* Crocifissione e sant'Antonio da Padova, tempera su tavola, 1450 circa; Parigi, collezione privata, proveniente dal convento di San Fortunato a Montefalco.
* Sant'Orsola, tempera su tavola, 1450 circa; Washington, National Gallery of Art, proveniente da Montefalco.
* Madonna con Bimbo e angelo musicante, affresco, 1450; Montefalco, eremo di San Fortunato.
* San Fortunato in trono, affresco, 1450; Montefalco, eremo di San Fortunato.
* Madonna con Bambino, i santi Francesco e Bernardino e sette angeli, affresco, 1450; Montefalco, eremo di San Fortunato.
* Pala di San Tommaso (o San Fortunato), tempera su tavola, 1450- 1451; Città del Vaticano, Pinacoteca Vaticana, proveniente dall'eremo di San Fortunato a Montefalco.
* Storie di San Francesco, ciclo di affreschi, 1452; Montefalco, chiesa di San Francesco.
* San Francesco in gloria e santi, ciclo di affreschi sulla volta, 1452; Montefalco, chiesa di San Francesco.
* Storie di Cristo e di san Girolamo, ciclo di affreschi, 1452; Montefalco, chiesa di San Francesco.
* Finto polittico, affresco, 1452; Montefalco, chiesa di San Francesco.
* Madonna con Bambino, i santi Francesco e Bernardino e il committente fra' Jacopo da Montefalco, tempera su tavola, 1452- 1453; Vienna, Kusthistoriches Museum, proveniente dalla chiesa di San Francesco a Montefalco (?).
* Santa Chiara, affresco, 1452 (rifacimento di un'opera del 1430); Montefalco, monastero di Santa Chiara.
* Testo di Cristo, affresco staccato, 1455 circa; Roma, Museo nazionale di Palazzo Venezia, proveniente dalla chiesa di Santa Chiara a Piperno di Montefalco.
* Pala della Sapienza Nuova, tempera su tavola, 1456; Perugia, Galleria nazionale dell'Umbria, proveniente dal collegio di San Girolamo (Sapienza Nuova) a Perugia.
* La Vergine protegge Sermoneta, tempera su tavola, 1458; Sermoneta, Cattedrale.
* Sant'Antonio da Padova con due donatori, affresco, 1458- 1460: Roma, Basilica di Santa Maria in Ara Coeli.
* Il corteo dei Magi, affresco, 1459; Firenze, Palazzo Medici Riccardi.
* Il giardino del Paradiso, affresco, 1459- 1460; Firenze, Palazzo Medici Riccardi.
* Agnus dei, affresco, 1459; Firenze, Palazzo Medici Riccardi.
* Madonna con Bambino, tempera su tavola, 1460- 1461; Cambridge, Fogg Art Museum, proveniente da Firenze (?).
* Madonna con Bambino e cherubini, tempera su tavola, 1460 circa; Detroit, collezione Ford.
* Pala della Compagnia della Purificazione e di San Zanobi, tempera su tavola, 1461; proveniente dalla Basilica di San Marco (Firenze):
Madonna con Bambino, angeli e i santi Giovanni Battista, Girolamo, Zanobi, Pietro, Domenico e Francesco, Londra, National Gallery.
San Zanobi resuscita un bambino, Berlino, Staatliche Museen.
Festino di Erode e decollazione del Battista, Washington, National Gallery of Art.
San Domenico resuscita un bambino, Milano, Pinacoteca di Brera.
Purificazione della Vergine, Filadelfia, collezione Johnson.
Caduta di Simon Mago, Londra, Hampton Court.
Pilastrino con i santi Bartolomeo, Giacomo maggiore e Giovanni Battista, Firenze, Galleria dell'Accademia.
* Matrimonio mistico di Santa Caterina, tempera su tavola, 1461-1464; Firenze, Museo nazionale di San Marco, proveniente dalla Basilica di Santa Croce a Firenze.
* Cristo in pietà tra i santi Giovanni evangelista e Maria Maddalena, tempera su tavola, 1461- 1464; Firenze, Museo nazionale di San Marco, proveniente dalla Basilica di Santa Croce a Firenze.
* I santi Antonio abate e Benedetto, tempera su tavola, 1461- 1464; Firenze, Museo nazionale di San Marco, proveniente dalla Basilica di Santa Croce a Firenze.
* Predella dell'Altare Alessandri, tempera su tavola, 1462- 1463; New York, Metropolitan Museum, proveniente dalla chiesa di San Pier Maggiore (Firenze) (distrutta).
* Crocifissione tra i santi Girolamo e Domenico, tempera su tavola, 1459- 1464; Locko Park, collezione Drury- Lowe, proveniente da Firenze.
* Madonna dell'Umiltà e due angeli, tempera su tavola centinata, 1460- 1465; Monaco di Baviera, collezione privata.
* Storie di Sant'Agostino, ciclo di affreschi, 1464- 1465; Chiesa di Sant'Agostino (San Gimignano).
* Santi e loro storie, ciclo di affreschi, 1464- 1465; chiesa di Sant'Agostino (San Gimignano).
* Evangelisti, affreschi, 1464- 1465; chiesa di Sant'Agostino (San Gimignano).
* San Sebastiano intercessore, affresco, 1464; Chiesa di Sant'Agostino (San Gimignano).
* Martirio di San Sebastiano, affresco, 1464; Duomo di San Gimignano.
* Madonna con Bambino, angeli e i santi Andrea e Prospero; predella, tempera su tavola, 1466; Museo Civico (San Gimignano).
* Crocifissione e profeti, affresco, 1466; San Gimignano, convento di Monte Oliveto.
* Due santi, affresco, 1467; Palazzo Comunale (San Gimignano).
* Crocifissione, i santi Girolamo e Francesco e committente, affresco staccato, 1467- 1468; Palazzo Comunale (San Gimignano),
* Matrimonio mistico di santa Caterina con i santi Lucia, Bartolomeo e Francesco, tempera su tavola, 1466; Terni, Pinacoteca Comunale, proveniente dalla chiesa di Santa Maria dell'Oro a Terni.
* Madonna con Bambino, due angeli e i santi Maria Maddalena, Giovanni Battista, Agostino e Marta, tempera su tavola, 1466- 1467; Museo Civico (San Gimignano), proveniente dalla chiesa della Maddalena a San Gimignano.
* Tabernacolo dei Giustiziati, affreschi staccati, 1467 (in collaborazione con altri); Certaldo, Ex chiesa dei Santi Tommaso e Prospero.
* Santa Maria maddalena e la Beata Fina da San Gimignano, tempera su tavola, 1467- 1470; Avignone, Musée du Petit Palais, proveniente da San Gimignano.
* San Girolamo e un beato, tempera su tavola, 1467- 1470; Lugano, collezione Thyssen, proveniente da San Gimignano.
* Cristo passo, tempera su tavola, 1467- 1470; Milano, Pinacoteca di Brera, proveniente da San Gimignano (?).
* San Giovanni evangelista, tempera su tavola, 1470 circa; Bergamo, Accademia Carrara.
* Affreschi del Camposanto, ciclo di affreschi, 1469- 1484; Pisa, Camposanto monumentale.
* Sinopie degli affreschi del Camposanto, sinopie, 1469- 1484; Pisa, Museo delle sinopie, provenienti dal Camposanto monumentale di Pisa.
* La Vergine con Bambino e i santi Rocco, Lorenzo, Antonio abate e Bernardino e i committenti, tempera su tavola, 1470 (aiuti di bottega); Pisa, Museo dell'Opera del Duomo, proveniente dalla chiesa di San Lazzaro fuori le mura a Pisa.
* Trionfo di San Tommaso d'Aquino, tempera su tavola, 1470- 1473; Parigi, Louvre, proveniente dal Duomo di Pisa.
* Madonna con Bimbo in trono e i santi Giovanni Battista, Gregorio, Domenico, Giovanni evangelista, Giuliano e Francesco, tempera su tavola, 1473- 1478; Ottawa, National Gallery of Canada, proveniente da Pisa.
* Tabernacolo di Legoli, ciclo di affreschi, 1479- 1480; Cappella di Santa Caterina (Legoli).
* Crocifissione con le Pie donne e santi domenicani, affresco, 1480 circa: Chiesa di San Domenico (Pisa).
* Compianto sul Cristo morto, tempera su tavola, 1480- 1490; Melbourne Hall, collezione privata, proveniente da Pisa.
* Gli intercessori santi Nicola da Tolentino, Rocco, Sebastiano e Bernardino, angeli e committenti, tempera su tavola trasportata su tela, 1481; New York, Metropolitan Museum, proveniente da Pisa.
* La Santa Croce tra due angeli, San Giovanni evangelista e l'Addolorata, affresco, 1480- 1485; Chiesa di San Benedetto (Pisa).
* Madonna con Bambino, due angeli e i santi Scolastica, Benedetto, Orsola e Giovanni Gualberto, tempera su tavola, 1490 circa; Pisa, Museo nazionale di San Matteo, proveniente dalla chiesa di San Benedetto (Pisa).
* Cavalcata dei Magi, affresco, 1485- 1490; Duomo di Volterra.
* Affreschi del Tabernacolo della Madonna della Tosse, ciclo di affreschi, 1484 (aiuti di bottega); Castelfiorentino, BEGO-Museo Benozzo Gozzoli, proveniente dal tabernacolo della Madonna della Tosse a Castelfiorentino.
* Affreschi del Tabernacolo della Visitazione, ciclo di affreschi, 1491 (aiuti di bottega); Castelfiorentino, BEGO-Museo Benozzo Gozzoli, proveniente dal Tabernacolo della Visitazione a Castelfiorentino.
* Madonna con Bambino, tempera su tavola centinata, 1490-1495; Calci, Pieve.
* Madonna con Bambino e due angeli, tempera su tavola, 1495 circa (ritocchi del XVI secolo); Praga, Galleria Nazionale; proveniente da Pisa (?).
* Deposizione dalla Croce, olio su tela, 1496-1497; Firenze, Museo Horne, proveniente dal Duomo di Pistoia.
* Resurrezione di Lazzaro, olio su tela, 1497; Washington, National Gallery of Art, proveniente dal Duomo di Pistoia.
* San Girolamo penitente, tempera su tavola, 1495- 1496; Firenze, Museo Bardini.
* Madonna con Bambino, angeli e santi, sinopia, 1497; Pistoia, Palazzo Comunale.
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